Die Allianz zwischen Klingonen und der Vereinigten Föderation der Planeten war noch nie stärker als gegenwärtig (im Gegensatz zu den Vorgängern spielt SFC3 zu Zeiten von TNG und DS9). Gemeinsam arbeitet man der Konstruktion der Unity-Sternenbasis, die getarnte Schiffe tief in der neutralen Zone aufspüren kann. Die Romulaner finden derartige Pläne verständlicherweise nicht besonders erstrebenswert. Sie sind sogar bereit das Universum in ein Schlachtfeld zu verwandeln, um dies zu verhindern.
Im Sinne dieser Rahmenhandlung stehen Ihnen drei Kampagnen zur Verfügung, jeweils aus der Sicht der Klingonen, der Föderation sowie den Romulanern. Neben diesen drei Kampagnen gibt es noch weitere vier „Erobern Sie das Universum“- Kampagnen, wobei Sie zu den drei obengenannten Rassen noch für die Geschicke der Borg verantwortlich sein können.
Der Kampagnenbildschirm teilt den Weltraum in ein hexagonales Raster. In jedem Feld, dass Ihr Raumschiff besucht, sind neue Missionen verfügbar. Standardmäßig stehen hier von der relativ einfachen „Planetenscan“-Mission bis hin zur „schwierigen“ Kampfbasiseroberungen bereit. In den drei Hauptkampagnen sind noch speziellere Aufgaben, so zum Beispiel Rettungsmissionen, zu lösen.

Systemintegration

Anfangs besitzen Sie noch ein kleinen, mager ausgerüsteten Seelenverkäufer. Für jede erfolgreich ausgerüstete Mission erhalten Sie einen Betrag Ansehenspunkte, mit denen Sie neue Schiffe und/oder Ausrüstung kaufen können, sofern sich Ihr Raumer im einem Sektor mit Raumdock befindet.
Die Möglichkeiten sich ein Raumschiff zusammenzustellen sind vielfältig. Für Schild-, Waffen-, Hilfs- und Antriebssysteme bietet jeder Raumschiffstyp eine unterschiedlich begrenzte Menge Platz, den Sie nach Lust und Laune ausnutzen dürfen. Sie sollten aber nicht nur den Platz im Auge behalten, sondern auch den Energieverbrauch, denn der Warpkern produziert nur eine begrenzte Menge davon. Bringt der Reaktor nicht genügend Saft für alle Systeme, können Sie entweder auf Energieschilde verzichten, dafür schneller schießen, oder die Schilde auf Kosten der Schussfrequenz stärken. Dann aber pusten Sie keine Fliege aus dem Raum. Eine andere Variante Energie zu sparen besteht innerhalb der Missionen darin, einige der Waffensysteme auszuschalten. Letztendlich ist so ein Protonentopedowerfer, der nur nach hinten torpedieren kann, bei einer wilden Hetzjagd überflüssig.
Weiterhin sind für die Effizienz des Raumschiffes Offiziere in den Schlüsselpositionen, wie Taktik oder Maschinenraum wichtig. Ein kompetenter Taktiker sorgt für eine höhere Trefferquote, während ein guter Mechaniker Schäden am Schiff schneller repariert. Im Einsatz verbessern sie schnell ihr Fähigkeiten.